Il giorno 8 maggio 1603 Fra Giovanni Battista Gonzalez, insieme ad altri religiosi mercedari, iniziarono in Madrid un movimento di maggiore austerità nell'Ordine riunendosi, con l'autorizzazione del Maestro Generale Fra Alonso Monroy, in conventi detti di recollezione dove vigeva la più stretta osservanza delle Costituzioni. Ebbe così inizio il ramo dei Mercedari Scalzi, con Costituzioni proprie scritte dallo stesso Generale.

Nel 1617 il Mercedari Scalzi avevano già 7 conventi in Castiglia, 10 in Andalusia e 6 in Sicilia.
Essi conservarono il quarto voto e si univano ai Mercedari nella esecuzione delle redenzioni. Oggi sono presenti con alcuni conventi in Spagna, uno in Santo Domingo e uno negli Stati Uniti.

Data l'austerità della loro vita, molti Mercedari Scalzi lasciarono una fama di vera santità. Valga ad esempio e testimonianza per l'Italia la vita del P. Felice Migliore, originario di Serradifalco, in provincia di Caltanissetta. Grande devoto del Santissimo Sacramento e della Vergine della Mercede e caritatevole con i poveri, dovunque era inviato dai Superiori a svolgere il suo apostolato, la sua fama di religioso osservante e pio cresceva di giorno in giorno ed ancor più quando si cominciò ad attribuirgli la concessione di grazie e miracoli. Con fama di santità morì in Roma il 7 agosto 1886.

Per opera dei Mercedari scalzi sorsero anche le Monache Mercedarie Scalze che sussistono anche oggi in alcuni monasteri della Spagna.